Blokada i oblężenie twierdzy
Po raz pierwszy postawiono twierdzę w stanie gotowości bojowej w trakcie Powstania Kościuszkowskiego. Wykonano poważne prace ziemne, palisady, wilcze doły, drewniane blokhauzy. Działania wojenne nie dotarły do Grudziądza. Egzamin bojowy zdała twierdza dopiero w trakcie wojen napoleońskich. Armia pruska została w 1806 roku doszczętnie rozbita w bitwach pod Jeną i Auerstadt. Resztki wojsk cofały się w kierunku Prus Zachodnich, Wschodnich i Pomorza, stawiając sporadyczny opór, poddając liczne twierdze praktycznie bez walki. Jednym z nielicznych skutecznie bronionych miejsc była grudziądzka twierdza. Było to bez wątpienia zasługą generała Wilhelma Reinharda de l´Homme de Courbière. Zakończone sukcesem pruskim działania stanowiły w następnych dziesięcioleciach podwalinę pod budowę legendy i utrwalanie niemieckiej świadomości narodowej. Pierwsze oddziały koalicji napoleońskiej pojawiły się pod Grudziądzem już w grudniu 1806 roku, w związku z czym spalono most łyżwowy na Wiśle. Załoga twierdzy liczyła według różnych źródeł od 4500 do 5808 ludzi. W dużej części składała się z żołnierzy narodowości polskiej, co spowodowało liczne dezercje. Oddziały te były wspierane 154 armatami, 35 haubicami i 16 moździerzami.
Portret generała Wilhelma Reinharda de l´Homme de Courbière'a
Ponieważ Grudziądz stanowił drugorzędny teatr działań wojennych, dochodziło tu początkowo jedynie do drobnych potyczek kawalerii. Dopiero 22 stycznia podeszły pod miasto większe oddziały ze sprzymierzonego z Napoleonem Księstwa Hesji-Darmstadt. Nagłym atakiem zdobyły miasto. Nie miały jednak dostatecznych sił , aby pokusić się o zdobycie twierdzy. Obsadzono jedynie okoliczne wsie, próbując (bezskutecznie zresztą) blokować cytadelę. Dowódcą wojsk heskich był generał Marie-François Rouyer. Korzystając z wypadu pruskich oddziałów od strony Gdańska i Kwidzyna przeprowadzono 28-29 stycznia 1807 roku skuteczną deblokadę Grudziądza. Wojska heskie odmaszerowały do Torunia. Do ponownego ataku na Grudziądz doszło 11 lutego. Tym razem obok wojsk heskich brały w nim udział polskie bataliony. Wobec braku dostatecznych sił i artylerii nie było możliwości prowadzenia prac oblężniczych. Dopiero 23 marca rozpoczęto sypanie szańców od strony Nowej Wsi i Świerkocina. W kwietniu przybyły pod twierdzę większe oddziały Legii Warszawskiej a przysłany przez Napoleona inżynier wojskowy generał Feliks Łazowski rozpoczął systematyczne prace oblężnicze. Z usypanych przez niego szańców na wiślanej Kępie Lubieńskiej i lewym brzegu rzeki zaczęto skutecznie bombardować majdan twierdzy. Po zdobyciu Gdańska przysłano pod Grudziądz dodatkowe oddziały z Księstwa Bergu i Księstwa Würzburga oraz ciężką artylerię oblężniczą. Rozpoczęto regularne oblężenie zgodnie z zasadami vaubanowskimi, kładąc główny nacisk na podejście do twierdzy od najsłabiej ufortyfikowanej strony północno-wschodniej. Kopanie przykop od strony północnej części Nowej Wsi rozpoczęto 19 maja. W czerwcu prace były już bardzo rozwinięte, ukończono tzw. pierwszą równoległą, od której podsunięto pod twierdzę kolejne przykopy a następnie rozpoczęto kopanie drugiej równoległej. Jednocześnie prowadzono intensywne walki artyleryjskie, odpierano wycieczki wojsk pruskich (największa odbyła się w nocy z 15 na 16 czerwca). Prace oblężnicze przerwano 30 czerwca na wiadomość o zawartym 26 tegoż miesiąca zawieszeniu broni w Tylży. Dzięki skutecznej obronie w rękach pruskich pozostała zarówno twierdza jaki i samo miasto oraz wsie na północ od niego (Nowa Wieś, Świerkocin, Tarpno, Parski). Ziemie leżące na południe od Trynki włączono do Księstwa Warszawskiego. Straty pruskie wynosiły 735 zmarłych i zabitych (większość stanowiły ofiary epidemii). Zdezerterowało 827 żołnierzy, przeważnie Polaków z ziem zaboru pruskiego. Straty oblegających nie są znane, zapewne nie były niższe, tym bardziej, że także wśród nich szerzyły się epidemie. W uznaniu zasług mianowano Courbière’a feldmarszałkiem i ustanowiono gubernatorem Prus Zachodnich.
Należy jeszcze wspomnieć o szańcach wojsk oblegających twierdzę, które były wynikiem przejścia pomiędzy etapem blokady do regularnego oblężenia twierdzy. Kordonowy system dzieł ziemnych, przeważnie w formie małych dwuramienników lub trapezoidalnych redanów, rozlokowany była obrzeżach Kępy Fortecznej. Szańce te były zwrócone w kierunku twierdzy, pełniły więc rolę umocnionych strażnic przeciwko wycieczkom pruskich obrońców. Dzieła te zostały prawie w całości zniwelowane, znajdowały się bowiem w większości na terenach rolniczych. Zachował się jedynie w lesie szaniec nr IV, mieszczący pierwotnie magazyn prochowy nr V.
Fragment planu przedstawiającego oblężenie twierdzy, zachował się szaniec nr IV